Quy trình này nhằm thực hiện việc thanh toán kinh phí qua chuyển khoản kho bạc theo đúng quy định của Luật Ngân sách Nhà nước và Luật kế toán; đảm bảo việc  thanh toán các chứng từ chuyển khoản luôn rõ ràng, minh bạch, thống nhất, đồng thời từng bước giảm dần tỷ trọng thanh toán bằng tiền mặt tại đơn vị để giảm nghiệp vụ ngân quỹ.